Canlı hayvanlarda veziküler lezyonların görülmesine ilaveten, post mortem muayenelerde rumen piluslarında büyük lezyonlar bulunabilir. Kas dokusunda düzensiz sarımsı çizgiler veya paranşimatöz dejenerasyonla karakterize lezyonlar şekillenmektedir. Bazı şap virus suşları hem yetişkin hem de gençlerde kalbe büyük zarar vererek myokardial dejenerasyona yol açar ve kalp kaplan postu görünümü kazanır. Benzer lezyonlara iskelet kaslarında da rastlanabilir.

 

Enfeksiyonun ağır seyrettiği durumlarda veziküller genişler ve yara şeklini alır. Veziküllerin içi açık renkte seröz sıvı ile doludur. Genellikle kabuklaşır ve bu kabuklar yaklaşık 24 saat sonra kopar. Kabukların ayrılmasından sonra kırmızı renkte ülserler açığa çıkar. Birkaç gün sonra lezyonlar üzerinde nekrotik epitelium parçaları meydana gelir. Özellikle ağız bölgesinde ve dil üzerinde hastalığa has belirli granülasyon dokusu oluşur. Lezyonların durumu hastalığın epidemiyolojisi hakkında bilgi verir.

 

Bütün vücut yüzeyindeki mikroskopik lezyonlar birbirine benzer görüntü oluşturur. En fazla epidermis üzerindeki stratum spinozum tabakasındaki hücreler enfekte olur. Bu hücreler şişkin, eozinofiliktir ve balon dejenerasyon şeklinde isimlendirilir. Hücreler arası bağlantılar bozulmuş, hücre sitoplazması dışarı sızmış, yıkıntılar çoğalmış ve mikroveziküller oluşmuştur. Mikroveziküller ödemle doludur. Hücre yıkıntıları ve makroveziküller, lökositlerle infiltre olmuştur. Bu olayları takiben süratle iyileşme görülür. Ülserlerin iyileşmesiyle yeni epiteller oluşur. Deri tabakasındaki hücreler hiperemiktir.

 

Hayvanlarda, virusun titresi düşerken nötralizan antikorlar yükselir. Enfeksiyonu takiben hayvanlar taşıyıcı durumda olabilirler. Bu taşıyıcı hayvanlardan probang yöntemiyle enfeksiyondan 2,5 yıl sonra dahi virus tesbit edilebilir. Enfeksiyondan sonra şap virusunun taşınması epidemiyolojik olarak çok önemlidir.