​Epidemiyoloji Birimi Enstitü Müdürlüğümüz görev alanında ortaya çıkan hastalıkların nedenlerini, yayılışını ve etkilerini inceleyerek hastalıkların oluşumunda rol oynayan faktörleri araştırır, hastalık yayılımını izler ve kontrol yöntemleri önermektedir.  Hastalıklar konusunda ortaya çıkan vakaların kaydedilmesi, verilerin analizi ve trendlerin belirlenmesi gibi çalışmalar yapılmaktadır. Bu çalışmalar sonucunda Bakanlığımızın üretim ve hastalık mücadelesi politikalarına alt yapı oluşturulmaktadır. Birimimiz genel olarak ihtiyaç duyulan surveyleri planlayarak sonuçlarını Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğüne iletmek ve epidemiyolojik konularda hizmetiçi eğitimler düzenlemektedir. ​