​Enstitü hizmet alanı kapsamındaki il ve ilçelerinden hastalık şüphesi durumunda gönderilen veya getirilen materyallerde tüm hayvan türlerinin salgın hastalıklarının bakteriyolojik, mikolojik teşhis ve kontrolleri kültür ve moleküler yöntemlerle yapılmaktadır. Bakteriyel hastalık etkenlerinin izolasyonu ve identifikasyonu yanı sıra yapılan antibiyogram testleri ile yetiştiriciler tedavi ve korunma önerileri konusunda aydınlatılmaktadır. Brusellosis, Paratuberkülosis ve Leptospirosis gibi önemli bakteriyel hastalıkların serolojik teşhisi yapılmaktadır. Bakteriyel balık ve arı hastalıkların teşhisi kültür ve moleküler yöntemlerle yapılmaktadır.Bakteriyel balık patojenleri yönünden diğer laboratuvarların gönderdiği numunelerin teyitlerini yapılır. Bölüm üç test metodu ile ISO 17025'e göre akreditedir.

Kamu sektörü ve özel sektörde çalışan veteriner hekimlere teorik veya uygulamalı eğitim seminerleri verilir, ayrıca bölüm teknik personelinin yurtiçi ve yurtdışı referans kurumlardan eğitim alması sağlanır. Hizmet içi seminerlere ilgili dokümanları hazırlar ve dağıtır.
Bakanlığın su ürünleri ve balık hastalıkları konusunda hazırladığı yönetmelik, talimat ve taslaklarda teknik görüş hazırlanır. Çalışma alanı ile ilgili yeterlilik testlere katılım sağlanır. Çalışma alanına giren konularda araştırma projeleri yürütülür, makale, derleme ve poster gibi yayım hizmetleri gerçekleştirilmektedir. Üniversiteler ile ortak proje çalışmaları yapılmaktadır.