Enstitümüz 1948 yılında "Samsun Veteriner Bölge Laboratuvarı " adıyla, 867 sayılı Ziraat Vekaletine Merbut Bazı Mektep ve Müesseselerin Sureti İdaresi  Kanunun ek 2.nci maddesi kapsamında faaliyetlerine başlamıştır. Kurumumuza o yıllarda sığır vebası ile mücadele çalışmalarında serum deposu olarak kullanılan tek katlı, küçük ve ahşap bir bina tahsis edilmiştir. Sonraki yıllarda ensitümüz farklı isimler altında faaliyetlerine devam etmiş, 22.09.1994 tarih ve MKD-6-1/65 sayılı Bakanlık Olurları ile "Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsü" adın almış, son olarak da 3/6/2011 tarihli ve 639 sayılı Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameyle "Veteriner Kontrol Enstitüsü" olarak değiştirilmiş ve halen bu isim ile görevlerini sürdürmektedir.

   Kurumumuz Samsun'un Atakum mevkisinde, Samsun-Ankara karayolu ile Samsun-Sinop karayolunun kesiştiği kavşakta yerleşiktir. Samsun, Sinop, Amasya, Tokat, Sivas, Ordu, Giresun, Çorum ve Yozgat ili dahil 9 ilin sınırları içerisinde bünyesinde bulunan Hayvan Refahı birimi ve bu birime bağlı Su ürünleri Araştırma Deneme Ünitesi, Epidemiyoloji Ünitesi, Numune Kabul ve Raporlama Birimi, 12 laboratuvarı, Laboratuvar ve ofisleri kapsayan üç ana hizmet binası ve ek binalar ile dört lojman binasını kapsayan yaklaşık 30 dönüm arazi üzerinde faaliyetlerini sürdürmektedir. 

​