Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsünün ilk kuruluşundan beri Anaerob laboratuvarı ile birlikte ülke hayvancılığına hizmet eden Bakteriyoloji Laboratuvarı, 1946 yılında ayrı bir laboratuvar olarak çalışmalarına devam etmiştir. Bu anlamda Türkiye'de hayvancılık alanında kurulmuş ilk bakteriyoloji laboratuvarıdır. Ülke hayvancılığı ve halk sağlığı açısından çok önemli olan Brucellosis, Anthrax, Listeriosis gibi zoonoz özellikli birçok hastalık başta olmak üzere hayvanlarda hastalık oluşturan bakterilerin izolasyonu, identifikasyonu, moleküler ve serolojik teşhisi uluslararası metotlar kullanarak yapılmaktadır. Sebebi belirlenen hastalıklarda antimikrobiyal duyarlılık testleriyle ve önerdiği koruma ve kontrol tavsiyeleriyle hastalığın mücadelesine katkıda bulunmaktadır.
Bakteri kaynaklı hastalıkların teşhisi amacıyla dünyadaki güncel bilimsel gelişmeler takip edilerek en son tekniklerin kullanıldığı laboratuvarımızda, güncel mikrobiyolojik izolasyon ve identifikasyon yöntemlerinin yanında, abortlara (atıklara) neden olan patogen bazı bakteriler için moleküler teşhis yöntemleri kullanılmaktadır. Bakteri kaynaklı hastalıkların tedavileri ve korunma önerileri konularında değerli yetiştiricilerimiz aydınlatılmakta ve yol gösterilmektedir. Bakteriyoloji Laboratuvarı, TÜRKAK tarafından Anthrax Hastalığının mikroskobik teşhisinden ve Listeria Hastalığı'nın bakteriyolojik teşhisinden akredite edilmiştir.