Toksikoloji Laboratuvarı, Enstitümüz bünyesinde Fizyoloji- Toksikoloji Laboratuarı olarak kurulmuştur. 1998 yılında ayrılmış ve Toksikoloji Laboratuarı olarak görevine devam etmiştir. Zehirlenme şüphesiyle gelen numunelerde toksikasyona neden olabilecek maddeleri araştırmak amacıyla kurulmuş bir laboratuvardır. Bu amaç doğrultusunda, kedi, köpek gibi pet hayvanları ve çiftlik hayvanlarının zehirlenme olgularında striknin araştırılması, pestisit analizleri (organik fosforlu, organik klorlu ve karbamat grubu) konularında faaliyet göstermektedir. Ayrıca, içme suyu ve kaynak sularında yapılan fiziksel ve kimyasal analizler (sertlik, pH, serbest klor, klorür, kalsiyum, magnezyum, sülfat, karbonat, nitrit, nitrat, toplam katı madde, amonyak, organik madde, bulanıklık, mangan, demir) de laboratuvarımız tarafından yürütülmektedir. Bal ve bal peteklerinde pestisit kalıntılarının LC-MS/MS ile analizi konusunda TÜRKAK tarafından akredite edilmiştir. Laboratuvarımızda iki Veteriner Hekim ve bir biyolog görev yapmaktadır.