Patoloji laboratuvarı  1949 yılında kurulmuş olup Enstitümüze teşhis amaçlı getirilen hasta veya ölü hayvanlara nekropsi yapmaktan ve şüphe edilen hastalıklara göre nekropsi numunelerinin Enstitümüzün ilgili laboratuvarlarına dağıtımından sorumludur. 1994 yılında ilk laboratuvar şefi Dr. Fahri HAKİOĞLU' nun ismi verilmiştir. İmmunperoksidaz tekniği ile M.tuberculosis complex antijen tespiti ve İmmunperoksidaz tekniği ile Leptospira spp. Antijen tespiti metotlarından akreditedir. Doku örneklerinden histopatolojik teşhis için hematoksilen eozin ve immunperoksidaz boyama metotları kullanılmaktadır.