1950 yılında Pendik Bakteriyoloji Enstitüsü bünyesinde, Marmara Bölgesine bağlı illerin paraziter hastalıklarının teşhisi, mücadele ve tedavi işlerini yürütmek üzere açılmıştır. Parazitoloji Laboratuvarında helmint, arthropod ve protozoonlardan ileri gelen hastalıkların OIE’in standart testleri ile teşhisleri yapılmaktadır. Laboratuvar uzmanlarınca bakanlığımız tarafından hazırlanan programlar ile çeşitli Enstitü ve illerden gelen talepler doğrultusunda veteriner hekimlere ve yetiştiricilere yönelik eğitim seminerleri verilmektedir. Ayrıca gerekli durumlarda Marmara Bölgesinde saha çalışmaları da yapılmaktadır. Fakülte ve diğer kuruluşlarla işbirliği yapılarak özellikle vektörlerle bulaşan zoonotik hastalıklar konusunda araştırmalar yürütülmektedir. Parazitoloji Laboratuvarı Cryptosporidiosis, Theileriosis, Trichomoniasis, arılarda Tropilaelaps akarı ve Aethina tumida’nin teşhisi konularında 2013 yılından beri ulusal referans laboratuvarı olarak görev yapmaktadır. Laboratuvar 2012 yılında TÜRKAK tarafından akredite edilmiştir.