Türkiye'nin Doğu illeri kalkınması programı gereğince Şark Vilâyetlerinin hayvan sağlığını korumak, hayvancılığın gelişmesini garanti altına alacak sağlık tedbirlerini almak yeni ve bilinmeyen hastalıklar üzerinde araştırma yapmak bölgesi dahilinde bulunan illerin (Adıyaman, Ağrı, Batman, Bingöl, Bitlis Diyarbakır, Muş, Mardin, Siirt, Tunceli, Şanlıurfa, Van, Elazığ, Erzurum Erzincan, Gaziantep, Hakkâri, Hatay, Kars, Malatya) aşı ve biyolojik madde ihtiyaçlarını karşılamak gayesi ile Ziraat Vekâleti tarafından Elazığ Bakteriyoloji ve Seroloji Enstitüsü'nün kurulması 4 Mayıs 1948 tarihinde kararlaştırılmıştır.

     Bunun üzerine şehir merkezine 3 km mesafede Malatya asfaltı üzerinde 155 dekarlık arazi üzerine kurulmuştur. 6 Kasım 1952 tarihinde Teşhis Laboratuvarı faaliyete geçerek kurum fiilen hizmete girmiş ve kuruluşunu tamamlayarak 1 Haziran 1957 tarihinde uzmanlık kurumu olarak kabul edilmiştir.

 Enstitü, kuruluşundan bu yana ülkenin çeşitli ihtiyaçları doğrultusunda faaliyetler yürütmüş, amaç ve görevlerindeki değişikliklere istinaden de isim değişikliklerine uğramıştır. Bu maksatla, 1960 yılında Irak'ta çıkarak ülkemize sıçrama eğilimi gösteren At Vebası hastalığı salgını üzerine Enstitü'de At Vebası Laboratuvarı açılmış, gerekli âlet-malzemenin temini ve elemen bakımından laboratuvarların takviye edilmesiyle 1961 yılından itibaren At Vebası aşısı üretimine başlamıştır. Bu gelişmeyi takiben kurumun "Elazığ Bakteriyoloji ve Seroloji Enstitüsü" olan adı 29.03.1961'de "Elazığ Veteriner Viroloji Enstitüsü" olarak değiştirilmiş; At Vebası ve benzeri viral hastalıkların incelenmesi ve sonuçlandırılması görevine öncelik verilerek Enstitü'deki Teşhis, Gıda Kontrol Parazitoloji ve Patoloji dışında kalan laboratuvarlar kapatılmıştır.

   1965 yılında komşu ülkelerde insanlarda Kolera epidemisinin baş göstermesi üzerine Sağlık ve Sosyal Yardım Bakanlığı'nın isteği ile Tarım Bakanlığı gerekli aşı üretim görevini Enstitü'ye vermiş, bu nedenle kurulan Kolera Laboratuvarında 2 yıl içerisinde 6 milyon doz Kolera Aşısı üretilmiştir.

     10 Kasım 1967'de "Elazığ Veteriner Viroloji Enstitüsü" 170 sayılı kanun uyarınca "Elazığ Veteriner Mikrobiyoloji Enstitüsü" adı ile Döner Sermayeli kurum haline getirilmiş ve aynı enstitü bünyesinde "Elazığ Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsü" adıyla genel bütçe ile idare edilir yeni bir kurum oluşturulmuştur.

     Enstitü'de 1968 yılında hastalık teşhisi ve canlı virüs Newcastle Aşısı yapmak üzere Tavuk Hastalıkları Laboratuvarı, 1971 yılı başlarında Biyokimya, aynı yıl içerisinde de Doku Kültürü Laboratuvarı kurularak faaliyete geçmiş, Newcastle Aşısı üretimi 1987 yılına kadar sürdürülerek yörenin kanatlı hayvan sağlığına önemli katkılarda bulunmuştur.

   Bakanlığın yeniden yapılanmasını amaçlayan 3161 sayılı kanun çerçevesinde 01.08.1986 tarihli Makam Olur'u ile adı "Elazığ Hayvan Hastalıkları Araştırma Enstitüsü" ne dönüştürülen kuruluş, 1994 yılında alınan bir kararla "Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsü" olarak adı değiştirilmiş daha sonra  08.06.2011 tarihli resmi gazetede yayınlanan 639 sayılı kanun hükmünde kararname ile adı "Veteriner Kontrol Enstitüsü Müdürlüğü" olarak tekrar değiştirilmiştir. Halen bu isimle faaliyetine devam etmektedir.