Anaerob mikroorganizmalardan kaynaklanan hastalıklara karşı Clostridial aşı üretiminden sorumludur ve Clostridial konjugat, teşhis serumu, Clostridial aşı bağışıklık testlerinde kullanılan Clostridial standart toksinler bu laboratuvar tarafından üretilir. Anaerob Laboratuvarı 1926'da Bradzo aşısı (Enterotoksemi) ile faaliyete başlamış ve 1954'te Yanıkara ve Enterotoksemi olmak üzere iki bölüme ayrılmıştır. Bu bölümler, Koyun Hastalıkları Araştırma Projesi kapsamında FAO desteği ile 1965 yılında kurulan Anaerob Laboratuvarı ile 1985'te birleştirilmiştir. Anaerob Aşıları Üretim ve Biyolojik Reaktifler Üretim Laboratuvarı olarak devam eden laboratuvarlar, 2006'dan günümüze de Anaerob Aşıları Üretim Laboratuvarı adı altında faaliyetlerini sürdürmektedir.

Resmi Gazetede yayımlanan 24.12.2011 tarih ve 28152 sayılı "Veteriner Tıbbi Ürünler Hakkındaki Yönetmelik" e dayanarak Bakanlığımızca, Veteriner Tıbbi Ürünler için "İyi Üretim Uygulamaları" şartlarında üretim zorunluluğu getirilmiş olup, 24 Ekim 2015 tarihi itibarı ile Enstitümüzde Clostridial aşıların üretimi durdurulmuştur.