Enstitümüz, 1964 yılında "Veteriner Subtropikal Hastalıklar Ve Gıda Kontrol Laboratuvarı " adı altında kurulmuştur.
1978 yılında ismi "Veteriner Bölge Sağlık Kontrol Laboratuvarı " olarak değiştirilmiştir.
1982 yılında "Veteriner Kontrol Ve Araştırma Enstitüsü " adını almış ve Kurttepe Köyü ile Karaisalı asfaltı arasındaki şimdiki yerine taşınmıştır. Enstitümüzün 1964 yılında kurulduğu bina günümüzde Seyhan Tarım İlçe Müdürlüğü olarak hizmet vermeye devam etmektedir.
1985 yılında bünyesinde Veteriner Mikrobiyoloji Enstitüsü adı altında "Döner Sermaye İşletmesi" faaliyete geçirilmiştir.
1987 yılında Bakanlığımız bünyesinde yapılan düzenleme ile ismi, "Hayvan Hastalıkları Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü " ve bünyesindeki "Döner Sermaye İşletmesi" de "Hayvan Hastalıkları Araştırma Enstitüsü - Döner Sermaye İşletme Müdürlüğü" olarak değiştirilmiştir.
1994 yılında ise, Bakanlığımız Makamının 22.09.1994 tarih ve MKD-6-1/65 sayılı Olur'ları ile ismi : "Veteriner Kontrol Ve Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü" ve bünyesindeki "Döner Sermaye İşletmesi" de "Veteriner Kontrol Ve Araştırma Enstitüsü - Döner Sermaye İşletme Müdürlüğü" olarak yeniden değiştirilmiştir.
1982 yılında "Veteriner Kontrol ve Araştırma Enstitüsü" adını almış ve Turgut Özal Bulvarında şimdiki yerine taşınmıştır.
8 Haziran 2011 tarihinde Bakanlığımızın isminin değişmesiyle "Adana Veteriner Kontrol Enstitüsü" adını almıştır.
Halen Bakanlığımıza "Doğrudan Bağlı Kuruluş" statüsünde faaliyetini sürdürmektedir.